مرحوم شیخ مرتضی حائری یزدی یکی از محققین کمتر شناخته شده حوزه علمیه مبارکه قم هستند. دلایل مهجوریت آراء ایشان عبارت است است از:
1) تاخیر فراوان در انتشار آثار فقهی اصولی، ایشان در نیمه اول دهه 60 هجری شمسی دار فانی را وداع گفت، در حالی که عمده کتاب های ایشان در سالهای گذشته به چاپ رسیده است و آخرین جلد اصول ایشان (جلد دوم مبانی الاحکام) در سال جاری به طبع رسید.

2) شاید به دلیل بالا طرح آراء ایشان نیز در دروس خارج حوزه رواج ندارد، و فیما اعلم درس مهمی که تحقیقات ایشان را بیان می کند، درس پربار شیخنا الاستاذ العلامه آقای حاج شیخ مهدی شب زنده دار -مدظله- است که خود شاگرد ایشان بوده و از مقام علمی ایشان به عظمت یاد می کند. (فرمودند: ایشان خیلی دقیق بود.)

اما ویژگی های کلی اصول و فقه ایشان
1) پرهیز از ورود به دقت های فراارتکازی عقلی- فلسفی و عنایت به تحقیق مطالب در چارچوب ذوق سلیم و عرف مستقیم در عین دقت
2) عنایت به طرح ثمرات فقهی مسائل اصولی در اصول که نمونه هایی از آن ان شاءالله ذکر خواهد شد.
3) طرح مسائل اصولی که در کتب اصولی مطرح نشده با آن که ماهیتا اصولی است. (نمونه های این مورد هم بعون الله تبارک و تعالی برای باز کردن باب تامل و تحقیق خواهد آمد.)
4) طرح برخی مبانی مرحوم سید محمد فشارکی اصفهانی (آقای عراقی در تعلیقات فوائد الاصول از محقق نائینی نقل می کند که ایشان می فرمود عمده فضل من از سید محمد اصفهانی است.) ایشان استاد مرحوم حاج شیخ عبدالکریم حائری بوده و از طریق ایشان برخی مبانی استاد در مکتب قم رواج یافت.