در بحوث فی الخمس فرموده‌اند: شهید صدر رحمه الله شفاهی یک اشکالی را مطرح کردند و فرمودند:

در موارد احتمال وجود قرینه شخصیه در روایات با شهادت سکوتیه راوی وجود این قرینه نفی می‌شود زیرا در صورت وجود چنین قرینه‌ای عدم ذکر آن خلاف وثاقت راوی است.

ولی در ثبت قرآن دأب بر ثبت قرائن حالیه و شأن نزول آیه و شرایط اجتماعی زمان نزول قرآن درقرآن و کنار آیات مربوطه نبوده است. و فقط در مصحف امیرالمؤمنین علیه السلام گفته شده است که شأن نزول آیات و تأویل آیات ثبت شده است ولی در قرآن موجود فقط آیات و قرائن لفظیه -با قطع نظر از احتمال تحریف-  ثبت شده است. در حالی که ممکن است موارد فوق، قرینه حالیه شخصیه بر مراد از آیه باشند. مثلا ممکن است قرینه حالیه شخصیه مثل شأن نزول آیه یا شرایط اجتماعی زمان نزول آیه وجود داشت بر این که مراد از «ما غنمتم»  فقط غنیمت جنگی است.

ایشان فرموده‌اند: بعید است که مرحوم شهید صدر این را به عنوان مبنا مطرح کرده باشند زیرا این عملا به معنای تعطیل عمل به ظهورات قرآن است زیرا هر آیه‌ای ممکن است بر خلاف اطلاقش، قرینه حالیه داشته باشد و چون دأب اصحاب بر ثبت قرائن حالیه بر خلاف اطلاقات قرآن در کنار آیات نبود به ما واصل نشد و نمی‌توان احتمال آن را نفی کرد.

ایشان در ادامه وجوهی برای جواب از این اشکال مطرح می‌کنند که یکی از این جواب‌ها روایات عرض بر کتاب است زیرا اگر بنا بود احتمال قرینه حالیه شخصیه مانع از عمل به قرآن شود وجود این روایات عرض احادیث بر قرآن و روایات ترجیح احد الخبرین المتعارضین با موافقت با ظهور کتاب لغو و بی‌فایده بود .

به نظر ما این بیان در صورتی جواب از شبهه مذکور است که در اکثر آیات قرآن این شبهه و احتمال قرینه شخصیه حالیه باشد زیرا در این صورت از روایات عرض بر کتاب استفاده می‌شود که به این شبهه نباید اعتناء شود. ولی نسبت به نوع آیات چنین شبهه‌ای وجود ندارد و فقط نسبت به خصوص بعضی از آیات مثل «وَ اعْلَمُوا أَنَّما غَنِمْتُمْ‏ مِنْ شَيْ‏ءٍ فَأَنَّ لِلَّهِ خُمُسَهُ وَ لِلرَّسُول‏»  مطرح می‌شود که در این موارد همان‌طور که ظاهر کلام مرحوم حکیم و بحوث فی الخمس است به اطلاق آیه فی حد نفسه برای غیر غنیمت جنگی نمی‌توان تمسک کرد و ما از صحیحه ابن مهزیار و مانند آن متوجه شدیم که مراد از «ما غنتم» مطلق فایده است. بنابراین کل قرآن دچار این شبهه نیست تا عملا روایات عرض احادیث بر کتاب لغو شود. لذا این شبهه تا وثوق به خلاف آن پیدا نشود قابل جواب نیست. گرچه شأن نزول مقید اطلاق آیه نیست . روایت داریم که: 

عن محمد بن خالد بن الحجاج الكرخي عن بعض أصحابه رفعه إلى خيثمة قال: قال أبو جعفر ... و لو أن الآية إذا نزلت‏ في‏ قوم‏ ثم‏ مات‏ أولئك القوم ماتت الآية لما بقي من القرآن شي‏ء، و لكن القرآن يجري أوله على آخره‏ ما دامت السماوات و الأرض‏  یعنی اگر شأن نزول آیه یک قومی بود و آیه مختص به آن قوم باشد با نابودی آن قوم این آیه نیز عملا نابود می‌شود و این درست نیست. خود روایات فرمودند‌ شأن نزول مقید نیست.

اما اگر احتمال یک قرائن حالیه شخصیه دهیم مثلا همین در ما غنمتم هنگامی که داشتند غنیمت‌ها را تقسیم می‌‌کردند این آیه نازل بشود که دیگر عرف از ما غنمتم غیر از غنیمت جنگی را استظهار نکند، اگر این احتمال را بدهیم به این آیه استدلال نمی‌کنیم و مشکل خاصی پیش نمی‌آید.